Années 2000
2000
Premier open air au Flon à Lausanne sur le thème "La Ville en ce jardin"
2002
Intégration de l'ancien centre de documentation cinématographique Zoom à Zurich, qui devient l'antenne alémanique de la Cinémathèque suisse
Exposition "Autant-Lara, un cinéaste contre tous" au Mudac à Lausanne
Sortie du DVD "Il était une fois... la Suisse"
2005
Sous l'impulsion de Pascal Couchepin, feu vert du Conseil fédéral pour l'acquisition de nouvelles parcelles à Penthaz
2007
Parution d'Histoire du cinéma suisse 1966-2000 sous la direction d'Hervé Dumont et Maria Tortajada, en collaboration avec l'Université de Lausanne
2008
Vote par le Parlement du crédit d'engagement de 49,5 millions de francs pour le chantier de Penthaz, à la suite de l'arrêté du Conseil fédéral prévoyant un nouveau Centre de recherche et d'archivage
Marc Wehrlin assure l'intérim entre deux directeurs, en tant que délégué du Conseil de fondation dont il prendra la présidence en 2010
2009
Frédéric Maire, nouveau directeur